Ředitel školy vydává školní řád, který upravuje
- podrobnosti k výkonu práv a povinností žáků a jejich zákonných zástupců ve škole a podrobnosti o pravidlech vzájemných vztahů se zaměstnanci ve škole,
- provoz a vnitřní režim školy,
- podmínky zajištění bezpečnosti a ochrany zdraví žáků a jejich ochrany před sociálně patologickými jevy a před projevy diskriminace, nepřátelství nebo násilí,
- podmínky zacházení s majetkem školy nebo školského zařízení ze strany žáků.
Školní řád obsahuje také pravidla pro hodnocení výsledků vzdělávání žáků a studentů.
Školní řád může omezit nebo zakázat používání mobilních telefonů nebo jiných elektronických zařízení žáky s výjimkou jejich používání v nezbytném rozsahu ze zdravotních důvodů.
Nejnověji byla do školního řádu zařazena kapitola týkající se distanční výuky v době mimořádných opatření.
Nedílnou součástí školního řádu Gymnázia a Střední odborné školy, Podbořany, p.o. je Sankční řád, který jednotlivým porušením školského zákona a školního řádu přiřazuje výchovná opatření.